PEEPの設定値については、血圧に全く余裕がない場合を除けば、3〜5cmH2O のPEEPの使用を推薦する。 この値は生理的なPEEPとほぼ同じ値とされ、この程度のPEEPであれば、血行動態に与える影響はほとんどない。
一方、PEEPを0にしてしまうと、呼気終末に肺胞が虚脱してしまい、特にCOPDの患者に人工換気を行った際には問題を生じる。
ARDSなどの呼吸管理では、PEEPの推奨値は年々高くなる傾向(15cmH2O 程度)にある。