以下のような合併症が生じうる。
おそらくは血液中のカテコラミン、およびカルシウムの希釈により、低血圧を生じうる。また、人工肺を血液が通過することで 血液の粘性が低下し、補体の活性化が生じるため、これらも血圧を下げる方向に作用する。
低血圧に対しては、通常はボリューム付加、あるいは昇圧剤の使用だけで対処可能である。
ただ、呼吸不全に循環不全が合併している患者であれば15、 返血ラインを鼠径動脈に変える必要があるかもしれない。
循環血液量が少なく、静脈系が虚脱してくると、血液の脱血が悪くなることがある。対策としては輸液による循環血液量の増加 であるが、それでも脱血が不良であった場合、脱血カテーテルの先端位置の調節を行ったり、場合によっては脱血カテーテルと 返血カテーテルを交代してみるとうまくいくことがある。